قسم الطب الباطني هو واحد من الأقسام الأولى التي أنشئت في الكلية وهو من أكبر الأقسام في كلية الطب، ويضم عدة وحدات هي: الطب الباطني العام، طب الأمراض الجلدية، طب الأمراض النفسية، طب الطوارئ، طب الأشعة.​