قسم الجراحة هو واحد من الأقسام الأولى التي أنشئت في الكلية وهو من أكبر الأقسام في كلية الطب، ويضم عدة وحدات هي: وحدة الجراحة العامة، وحدة الأنف والأذن والحنجرة، وحدة جراحة العـــــــظـام، وحدة طب وجراحة العيون.​